ぬるっと久々に記事書いてますが（約3年ぶり）、そういえばこのブログは自分のための備忘録だったことを思い出したので、久々に記事投下。表題の件をまとめます。
ECキューブはお世辞にもSEOに強いとはいえず、Wordpressでは標準で付いてるような機能が無かったりするので、自身でカスタマイズする必要があります。
今回は表題の通りですが、URL正規可のために全ページにcanonicalタグを挿入する方法です。
テンプレートの共通パーツ部分（例：default_frame.twig等 無ければ新たに作成）に以下の記述を追加します。
<link rel="canonical" href="{% if app.request.server.get('HTTPS') %}https{% else %}http{% endif %}://{{ app.request.server.get('SERVER_NAME') }}{{ app.request.server.get('REQUEST_URI') }}">既存のテンプレートの共通部分に上記タグを追加し、FTP等でファイルを上書き。その後キャッシュを削除して作業は完了。これですべてのページに自動的にcanonicalタグが挿入されます。
やるからやらないかでいえば、絶対にやっておいたほうが良い作業になりますので、クライアントから「EC-CUBE4使ってるんだけど、なんかSEOにいい施工ない？」と提案を求められた場合は、この施工が役に立つかもしれません。
お手軽な方法ではありますが、テンプレートの中身を触ることになりますので、バックアップは必ず取ってから作業を行ってください。